Miután április végén felreppent a hír, miszerint Pierre Nkurunziza elnök azt tervezi, hogy harmadszor is elindul a választásokon, országszerte összecsapások törtek ki. Burundi alkotmánya szerint ugyanis egy személy csak két alkalommal töltheti be az államfői tisztséget, így az ellenzék alkotmányellenesnek minősítette Nkurunziza szándékát. Két héttel később egy interjúban ígéretet tett arra, hogy ha a június 26-ára kiírt választáson újra elnyeri a tisztséget, negyedszer már nem indul el. Bejelentését egy mindkét oldal számára elfogadható, kompromisszumos megoldásnak tartotta, és a harcok azonnali befejezésére szólította fel a lakosságot, majd május elején hivatalosan is regisztrált a választásokra. Nkurunziza és az alkotmánybíróság is azzal érvelt, hogy mivel elnökségének első ciklusában mandátumát nem közvetlenül a nép választása által nyerte el, hanem a parlament nevezte ki, így valójában most nem történik szabálysértés.

Az elnök döntésének hírére kialakult erőszakos tüntetéshullám egyre nagyobb méreteket öltött, és alig két hét leforgása alatt már több tucat halálos áldozatot követelt. Az ellenzéki vezetők már a kezdetektől fogva kifejezték arra vonatkozó aggodalmukat, hogy a kialakult feszültség könnyen a 2006-ban véget ért, tuszik és hutuk között zajló véres polgárháború újbóli fellángolásához vezethet. A tüntetések sorozatából kitűnt az erőszak és az emberi jogi normák megsértésével szembeni május 10-ei tiltakozás, amelyen ? az afrikai országokra nem jellemző módon ? csak nők vettek részt. Egyikük úgy nyilatkozott, hogy a békeszerződés ? amely magában foglalja, hogy egy személy csak kétszer választható elnöknek ? egy olyan, több mint tíz éves háborút zárt le, amelyben sokan veszítették el férjeiket, fiaikat vagy lányaikat, és nem hagyhatják, hogy ez újra megtörténjen.

Néhány nappal később a hadsereg egy része, egy volt titkosszolgálati vezetővel az élén körülvette a burundi állami tévé székházát a fővárosban, Bujumburában. Ezt követően a hadsereg egyik tábornoka bejelentette, hogy a hatalomból elmozdították a külföldön tartózkodó elnököt. A puccsot végrehajtó vezérőrnagy, Godefroid Niyombare a rádióban és tévében adott interjújában a következőképpen nyilatkozott: „Az elnököt felmentettük kötelessége alól, a kormányt feloszlattuk. A titkárságoknak minimális a feladata a minisztériumokban. Azt követeljük, hogy minden regionális katonai parancsnok, biztos és kormányzó működjön együtt velünk, hogy megerősítsük a biztonságot Burundiban.” Nkurunziza elnök köréből a puccsról szóló híreket kezdetben cáfolták, majd később az államcsíny sikeres meghiúsításáról nyilatkozták. Ez idő alatt az államfő a kelet-afrikai államok csúcstalálkozóján tervezett részvétele miatt Tanzániában tartózkodott. A konferencián végül nem jelent meg, hiszen a hír hallatán hazaindult, azonban az országba való visszatérést akadályozta, hogy a tüntetők lezárták a főváros repterét. Jakaya Kiwete tanzániai elnök így nyilatkozott: „A kelet-afrikai országok csúcstalálkozójának résztvevői szerint egy államcsíny nem lehet megoldás Burundi problémáira. Elítéljük a puccsot, és az alkotmányos rend helyreállítására szólítunk fel!”

Burundi vezetői arról vitáztak, hogy történt-e puccs, a főváros utcái pedig mindeközben életveszélyessé váltak. Mindenfelől a szűnni nem akaró lövések és az elnök újraválasztását ellenzők ünneplése hallatszott. Nkurunziza először egy Twitter bejegyzésben üzent követőinek, hogy nyugalomra intse őket, de hollétére nem tett utalást. Később az állami rádióban tartott beszédében elítélte az államcsíny elkövetőit, és büntetlenséget ígért azoknak a katonáknak, akik megadják magukat. Ezt követően heves tűzharc alakult ki a rádió épülete körül, amelynek következtében egy időre megszakadt az adás. Burundiba való visszatérése után az elnök a közösségi oldalon tett újabb bejegyzésével tudatta a világgal, hogy az elmozdítására irányuló kísérlet meghiúsult és biztonságban hazatért: ?Burundiban vagyok. Gratulálok a hadseregnek és a rendőrségnek a hazaszeretetükhöz, amit tanúsítottak. Mindenekelőtt pedig Burundi népének, a türelméért?.
A puccsban résztvevők megadták magukat, többeket ? az államcsínyt kitervelő három tábornokkal együtt ? letartóztattak, majd néhány nappal később közülük 18 személy ellen vádat emeltek. A rendőrök gumibotokkal és könnygázzal próbálták feloszlatni a tüntetők tömegét, de nem jártak sikerrel. Később még a katonaságot is be kellett vetni, akik a hivatalos jelentések szerint a levegőbe leadott lövésekkel és könnygázzal próbálták visszaszorítani a felkelőket. A főváros lakói azonban azt nyilatkozzák, hogy rettegnek, hiszen a fegyveres és rendvédelmi erők a szemeik láttára ölik meg a tüntetőket.

Az egyre növekvő krízis miatt sokan nagyon félnek az etnikai különbségek újbóli kiéleződésétől, amely következtében már több százezren hagyták el az országot. A menekültek többek között Tanzániában keresnek menedéket, ahol eközben kolera járvány tört ki, amely már 7 halálos áldozatot követelt, és ez a szám feltehetően még tovább fog nőni. Ez viszont nem véletlen, hiszen a menekülttáborok körülményei igencsak kezdetlegesek, nagyon kevés a víz, az élelmiszer és a gyógyszer is.

Május 23-án este az ellenzék vezetőjét, Zedi Feruzit lelőtték és sérülésébe belehalt. A múlthét folyamán zajló béketárgyalások eredménytelennek bizonyultak, így az ellenzéki erők bejelentették, hogy továbbra is folytatni fogják a tüntetéseket.
„Nem félünk a haláltól. Az elnök uralkodni akar rajtunk, és meg fog ölni minket. Nem rovarok vagy fák vagyunk, akikkel bármit meg lehet csinálni. A végsőkig kell küzdenünk a méltóságunkért” ? mondta egy tiltakozó.